「ラプラスの箱」をめぐる事件の集結から数ヶ月が経過した宇宙世紀0096年。サイコフレームを脅威と改めて認識した地球連邦は、その調査のために特殊部隊をアクシズに派遣する。その調査中に謎の部隊に襲われる。